痛み
慢性疼痛（線維筋痛症）の痛みは強く、広範囲かつ慢性的にみられることがあります。痛みの強さや出現部位には個人差があり、一部に限局する場合もあれば全身に及ぶ場合もあります。痛みの感じ方もさまざまで、ズキズキする痛み、鈍い痛み、ヒリヒリする痛み、刺すような痛み、焼けるような痛みなど、多様な表現がみられます。
また、天候の変化や身体的・精神的ストレスなどの要因によって、痛みの強さや部位が変動することがあります。
線維筋痛症では、疲労感や倦怠感を伴うことがあり、日常生活に影響を及ぼす場合もあります。安静が必要となることや、活動後に休息が必要となることもあります。
こわばり感
線維筋痛症では、筋肉や関節周囲のこわばりや痛みがみられることがあります。膠原病（リウマチ性疾患）と症状が似ている場合もありますが、一般的に関節の腫れや変形といった明らかな炎症所見は認められません。
睡眠障害
痛みの影響により睡眠が妨げられたり、眠りが浅くなることがあります。その結果、起床時のすっきり感が得られにくく、疲労感が残ることがあります。
また、睡眠の質の低下により、日中の集中力低下や気分の変動がみられることがあります。
他の症状
しびれ、感覚異常、微熱、抑うつ状態、不安感、自律神経症状、慢性的な頭痛、過敏性腸症候群、ドライアイ、記憶力低下、集中力の低下、レイノー現象、耳鳴り、レストレスレッグス症候群などを伴うことがあります。
症状は個人差が大きく、周囲から理解されにくい場合もあります。そのため、心理的負担が大きくなることもあり、気分の落ち込みにつながることがあります。